La historia de Gintama nos sitúa en un Japón sometido por unas criaturas alienígenas conocidas como Amantos. Gracias a estos el país goza de avances tecnológicos desmedidos, pero a la vez la especie humana ha sido desprendida de la autoridad de velar sobre su propio planeta. Para evitar revuelas bélicas se ha prohibido por completo el uso y porte de espadas en cualquier circunstancia por parte de los terrícolas,pero aun así en esta nueva era hay personas que se mantienen fieles a sus creencias y convicciones antañas como es el caso del protagonista, Gintoki. Gin, junto con otros dos igualmente estrambóticos personajes crean una tienda conocida como la Yorozuya, en donde se dedican a realizar cualquier tipo de trabajo que se les presente, pero al final rara vez logran obtener algo de dinero decente y tienen problemas incluso para pagar el alquiler del piso

Tomoharu Natsume se muda a una mansion acompañado de su amiga de la infancia Misao Minakami, una chica fantasma. Tras recibir un misterioso maletín enviado por su hermano, Tomoharu es perseguido por el primer consejo estudiantil de su instituto y por la familia de demonios "Takatsuki" ambos tratando de evitar el origen de una nueva "Asura Machina"(maquinas poderosas con habilidades especiales). Tomoharu y Misao junto con Shuri, miembro del club de ciencias, y Kanade Takatsuki, chica demonio, descubriran la relacion entre las "Asura Machinas" con los demonios y fantasmas(burial dolls) mientras se enfrentan a otras máquinas y demonios, y se encuentran con la "Asura Cryin"(Asura Machina mas peligrosa).

Los Blazes (Llamaradas) son una manifestación del alma humana, que toman forma de arma. Nuestro protagonista, Touru Kokonoe tiene la habilidad para usar un Blaze, pero resulta que el suyo no es un arma, sino un escudo. Además, debido al sistema de enseñanza de su escuela, el Sistema de Parejas (Duo Partner System), acabará compartiendo habitación con una atractiva chica de pelo plateado, Yurie Sigtuna, una estudiante de intercambio de Gimlé.

Sōichiro Nagi y Bob Makihara son dos estudiantes que han tomado el control de 99 colegios a través de sus puños, escogiendo la academia Tōdō como la número 100, pero se encuentran con que en este lugar hay personas mucho más fuertes que ellos. Esto se debe a que Tōdō fue fundada con el propósito de convertirse en un lugar donde mantener vivas las artes marciales de antaño. Ellos se encuentran con Maya Natsume, quien es la capitana del último club que se interpone ante el control total del Consejo Disciplinario, el Club Jūken. Cada año los diferentes grupos pelean por el control de la escuela, aunque antes de empezar, ya el Consejo Disciplinario ha empezado a destruir a sus opositores. Tenjō Tenge es una historia que utiliza una estructura dramática bajo la forma de segmentos, que es común para este medio. Oh! Great emplea a menudo las técnicas literarias del retroceso y de tiempos pasados para alargar el argumento. Estas técnicas se utilizan para hacer cumplir la noción del determinismo, que se utiliza a través de la historia. Mucho del combate usado en Tenjō Tenge abarca muchos conceptos filosóficos y estratégicos que se utiliza en artes marciales japoneses, tales como kiai, aiki, y maai. El manga y el anime siguen el mismo argumento, aunque hay diferencias. Una de estas diferencias es que el anime (y el manga en la versión de Estados Unidos) atenuó el contenido sexual y dialecto vulgar del manga japonés original. Otra diferencia, es que el color de cabello de algunos de los personajes en el anime no son los mismos a los representados en las cubiertas de los manga.