Manta Oyamada, un niño que asiste a la escuela secundaria Morira Gakuen, conoce a un niño que juega con fantasmas en el cementerio de camino a casa un día. El nombre del niño es Yoh Asakura. Era uno de los que podía interactuar con los espíritus de varias formas, llamadas chamanes. Ha estado en Tokio para participar en la Shaman Fight, una batalla entre chamanes que tiene lugar una vez cada 500 años. Shaman Fight, es una batalla para decidir el "Shaman King" que controla a los Chamanes en todo el mundo.

Aunque se suponía que nada iba a ocurrir durante los 500 años posteriores a la última Lucha de Chamanes, en la que Yoh y sus amigos participaron, un desacuerdo entre los dioses desencadena un nuevo enfrentamiento entre los chamanes al final del cual la forma de este mundo probablemente cambiará.

Los Caballeros de Oro resucitan en los helados dominios del Reino de Ásgard en forma de Einherjar, supuestamente por la voluntad de Odín. La princesa Hilda, gravemente enferma, es sucedida por un nuevo enviado de Odín, Andreas Lise, quien se rodea de siete nuevos guerreros divinos y devuelve la vida a Yggdrasil, un acto que supuestamente está prohibido en Ásgard. Hilda luego instruye a uno de sus sirvientes, Lyfia, para que deponga a Andreas. Este último se encuentra con Aiolia en prisión y lo convence para que lo ayude en su tarea. Aiolos, que aparece en una visión a su hermano Aiolia, les ordena a él y a los demás Caballeros de Oro que avancen hacia Yggdrasil para comprender el motivo de su resurrección.

Los chamanes son individuos extraordinarios con la capacidad de comunicarse con fantasmas, espíritus y dioses, que son invisibles para la gente corriente. La Lucha de Chamanes -un prestigioso torneo que enfrenta a chamanes de todo el mundo- se celebra cada quinientos años, y el ganador es coronado como Rey Chamán. Este título permite al actual titular invocar al Gran Espíritu y moldear el mundo como mejor le parezca. Una noche, Manta Oyamada, un estudiante de secundaria normal y corriente, decide tomar un atajo a través del cementerio local. Al percatarse de su presencia, un chico solitario sentado en una lápida invita a Manta a mirar las estrellas con "ellos". Al darse cuenta de que "ellos" se refiere al chico y a sus amigos fantasmales, Manta huye del terror. Más tarde, el chico se presenta como You Asakura, un chamán en formación, y demuestra sus poderes al asociarse con el fantasma del samurái de seiscientos años Amidamaru para salvar a Manta de un grupo de matones. You se hace amigo de Manta debido a su capacidad para ver espíritus y, con la ayuda de Amidamaru, se proponen cumplir el objetivo de You de convertirse en el próximo Rey Chamán.