Naruto Shippuden comienza dos años y medio después de que Naruto Uzumaki partiera para entrenar con Jiraiya, el legendario Sannin. Durante ese tiempo, Naruto ha estado fuera del mundo shinobi, pero al regresar, se da cuenta de que sus amigos han avanzado mucho en habilidades y rango, dejándolo a él rezagado. Sin embargo, no hay tiempo para lamentaciones: Naruto tiene una misión urgente —rescatar a su amigo Sasuke Uchiha, quien sigue alejándose más y más del camino de la luz.
Con solo seis meses para prepararse, Naruto debe enfrentarse a nuevos enemigos más poderosos y peligrosos mientras intenta alcanzar a sus compañeros y fortalecerse. Mientras tanto, la organización misteriosa *Akatsuki* comienza a mover sus piezas, revelando poco a poco sus planes para capturar a los bijū (demonios con colas), incluyendo al Kyūbi, que está sellado dentro de Naruto.
El peligro acecha por todas partes: antiguos rivales, nuevos aliados, traiciones inesperadas y batallas épicas pondrán a prueba la determinación de Naruto y sus amigos. A medida que crece en fuerza y sabiduría, Naruto descubrirá verdades ocultas sobre su pasado, el mundo shinobi y el destino que lo une a Sasuke y Akatsuki. ¿Podrá cumplir su promesa de traer de vuelta a Sasuke y proteger a sus seres queridos mientras enfrenta amenazas cada vez mayores?