Hace cincuenta años, unas horribles criaturas apodadas "enemigos de la humanidad" aparecieron de repente en todo el mundo. Para combatir estas amenazas, los adolescentes dotados de habilidades sobrenaturales llamadas "Talentos" -como la piroquinesis y el viaje en el tiempo- utilizan sus poderes en una academia situada en una isla aislada.

Sin embargo, Nanao Nakajima es muy diferente a los demás en la isla: no tiene ningún talento. Con muchos adolescentes "con talento" a su alrededor, Nanao es a menudo objeto de acoso, pero aun así se esfuerza por completar su formación. Poco después, dos estudiantes transferidos, el misterioso Kyouya Onodera y la lectora de mentes Nana Hiiragi, se unen a la clase. Pero justo cuando todos empiezan a integrarse como compañeros de armas, unas misteriosas desapariciones empiezan a amenazar los cimientos de la clase.