Kafka Hibino vive una vida de resignación, limpiando los restos de los Kaiju mientras su amiga de la infancia, Mina Ashiro, se convierte en una leyenda de la Fuerza de Defensa. El reencuentro con ella lo obliga a confrontar el sueño que abandonó: luchar a su lado. Pero justo cuando se decide a intentarlo de nuevo, un extraño suceso le otorga el poder de convertirse en un Kaiju. Ahora, con el nombre en clave "Kaiju No. 8", Kafka debe navegar una peligrosa doble vida con la ayuda de su compañero Reno Ichikawa. Su meta es aprobar el examen de la Fuerza de Defensa sin que nadie descubra su naturaleza. La prueba de fuego llegará cuando un Kaiju de inteligencia superior amenace una base, obligando a Kafka a decidir qué está dispuesto a sacrificar para proteger a las personas que le importan.