Cuando Lady Elianna, amante de los libros, ve al príncipe Christopher -su prometido sólo de nombre- coqueteando con otra noble dama, se da cuenta de que los recientes rumores deben ser ciertos. El príncipe tiene a alguien a quien ama de verdad, lo que significa que la anulación de su compromiso es inevitable y se acerca rápidamente. Lo que ella no sabe es que esto no es más que una onda superficial, una de las muchas en las que la verdad es profunda, en una conspiración que supera su imaginación.

No son ni plantas ni animales. Son distintos a otras formas de vida como los microorganismos y hongos. Se les conoce como Mushi. Su existencia y apariencia son desconocidas para la mayoría excepto para un numero limitado de humanos. Ginko es un Mushishi que viaja para investigar y conocer más a estos seres. En el camino, ayudará a gente que tiene problemas con ciertos sucesos paranormales relacionados con los Mushi.

Percibidos como extraños y temidos por el hombre, con el tiempo los deformes pasaron a ser conocidos como Mushi. Aunque no albergan malas intenciones hacia los humanos, muchos sufren los efectos secundarios de su existencia y su extraña naturaleza; explotar a los Mushi sin entenderlos, aunque sea sin querer, puede llevar al desastre y a la lucha a cualquiera de los implicados. Mushishi Zoku Shou continúa la historia de Mushishi Ginko en su viaje para ayudar al mundo visible a coexistir con los Mushi. Durante sus viajes, Ginko descubre a varios individuos dotados -aquellos malditos por las circunstancias y aquellos que mantienen una frágil simbiosis con los Mushi-, enfrentándose inevitablemente a la cuestión de si la humanidad, talentosa y torturada por igual, puede gestionar la responsabilidad de lo invisible. Además, como Mushishi, Ginko debe aprender más sobre estos extraños seres y decidir si tiene derecho a interferir en las complejas relaciones entre los Mushi y la humanidad.

Unos seres fantasmales y primordiales conocidos como Mushi siguen provocando misteriosos cambios en la vida de los humanos. El Mushishi viajero, Ginko, persiste en tratar de arreglar las extrañas e inquietantes situaciones que encuentra. Los bucles temporales, las sombras vivientes y la telepatía son algunos de los efectos manifiestos de la interferencia de los Mushi, pero otros síntomas más sutiles que tardan años en notarse también despiertan la preocupación de Ginko a su paso por las aldeas. A través de las circunstancias, Ginko se ha convertido en árbitro, determinando qué Mushi son bendiciones y cuáles son maldiciones. Pero las líneas que intenta trazar son subjetivas. Algunos de sus pacientes prefieren ejercitar sus nuevos poderes hasta que los consuman por completo; otros se esfuerzan desesperadamente por librarse de aflicciones que en realidad están protegiendo sus vidas de la devastación. Los que se cruzan con Mushi deben aprender a aceptar las consecuencias aparentemente imposibles de sus acciones y a curar heridas que no sabían que tenían. De lo contrario, corren el riesgo de encontrarse con destinos más allá de su comprensión.