Percibidos como extraños y temidos por el hombre, con el tiempo los deformes pasaron a ser conocidos como Mushi. Aunque no albergan malas intenciones hacia los humanos, muchos sufren los efectos secundarios de su existencia y su extraña naturaleza; explotar a los Mushi sin entenderlos, aunque sea sin querer, puede llevar al desastre y a la lucha a cualquiera de los implicados. Mushishi Zoku Shou continúa la historia de Mushishi Ginko en su viaje para ayudar al mundo visible a coexistir con los Mushi.

Durante sus viajes, Ginko descubre a varios individuos dotados -aquellos malditos por las circunstancias y aquellos que mantienen una frágil simbiosis con los Mushi-, enfrentándose inevitablemente a la cuestión de si la humanidad, talentosa y torturada por igual, puede gestionar la responsabilidad de lo invisible. Además, como Mushishi, Ginko debe aprender más sobre estos extraños seres y decidir si tiene derecho a interferir en las complejas relaciones entre los Mushi y la humanidad.