Unos seres fantasmales y primordiales conocidos como Mushi siguen provocando misteriosos cambios en la vida de los humanos. El Mushishi viajero, Ginko, persiste en tratar de arreglar las extrañas e inquietantes situaciones que encuentra. Los bucles temporales, las sombras vivientes y la telepatía son algunos de los efectos manifiestos de la interferencia de los Mushi, pero otros síntomas más sutiles que tardan años en notarse también despiertan la preocupación de Ginko a su paso por las aldeas.

A través de las circunstancias, Ginko se ha convertido en árbitro, determinando qué Mushi son bendiciones y cuáles son maldiciones. Pero las líneas que intenta trazar son subjetivas. Algunos de sus pacientes prefieren ejercitar sus nuevos poderes hasta que los consuman por completo; otros se esfuerzan desesperadamente por librarse de aflicciones que en realidad están protegiendo sus vidas de la devastación. Los que se cruzan con Mushi deben aprender a aceptar las consecuencias aparentemente imposibles de sus acciones y a curar heridas que no sabían que tenían. De lo contrario, corren el riesgo de encontrarse con destinos más allá de su comprensión.