En la segunda temporada, la historia continúa exactamente donde la dejó anteriormente. La bodega de fermentación y el laboratorio del profesor Itsuki están listos para funcionar y, con el don único de Sawaki Tadayasu de ver y comunicarse con los microbios como ayuda, el variopinto grupo de estudiantes de Itsuki comienza a procesar diferentes productos fermentados como la salsa de soja y el sake.