Mientras pasa el rato en el tejado de su escuela, Nao Ueshima descubre una bandada de gatos voladores. En su afán por hacer una foto, Nao cae por el lateral del edificio. Pero en lugar de caer en picado, Nao es guiada por una fuerza invisible que le permite aterrizar sana y salva. Decidida a desvelar los secretos de los gatos voladores y la identidad de su salvador, Nao no tarda en descubrir que uno de sus profesores no sólo es capaz de controlar el viento, sino que también puede enseñar a otros a controlarlo.

El protagonista de esta historia, Yuu Haruna, un chico al que le encanta usar Twitter, acaba de mudarse a la ciudad con sus hermanas después de que sus padres se marchasen al extranjero por motivos de trabajo. Una noche, mientras sale a comprar la cena, se topa con una misteriosa chica, llamada Fuuka Akitsuki, la cual le rompe su teléfono creyendo que iba a fotografiarle su ropa interior. Así da inicio un encuentro que cambiará sus vidas.

Fuuto Pi es un Anime basada en el manga Kamen Rider W: Fuuto Tantei de Riku Sanjō y Masaki Satou. La historia se abienta en la ciudad de Fuuto, un lugar donde tiempo atrás se cometieron decenas de crímenes a través de unos potentes dispositivos capaces de convertir en auténticos monstruos a quien lo desee. Tras la caída de Museum, la organización responsable de la mayor parte de los delitos, los detectives Shoutarou y Philip tratan de mantener el orden en la ciudad. Sin embargo, el temor vuelve a planear por Fuuto cuando empiezan a venderse dispositivos de Gaia Memories en el mercado negro. Esto pone alerta a Shoutarou y Philip, quienes cada vez empiezan a recibir más llamadas de clientes que están experimentando fenómenos sobrenaturales.

Tras la caída de Museum, la malvada organización responsable de muchos crímenes en Futo, la producción y distribución de Gaia Memories se ha detenido. Sin embargo, aún quedan restos de Memorias de Gaia en la sociedad y se venden en el mercado negro a precios elevados. Por lo tanto, los dos héroes de la Oficina de Detectives de Narumi aún no tienen tiempo para relajarse. Siguen apareciendo Dopantes y la agencia recibe cada vez más clientes que afirman haber experimentado fenómenos sobrenaturales. A pesar de lo arduo de la tarea, Kamen Rider Double promete que aquellos que hagan daño a Futo contarán inevitablemente sus pecados.