En el país de Amestris, donde la alquimia está elevada al nivel de ciencia universal, dos hermanos, Edward y Alphonse Elric recorren el mundo en busca de la legendaria piedra filosofal.

Abandonados por su padre cuando eran tan solo unos niños, Edward y Alphonse vivieron con su madre, Trisha, hasta que esta murió de una enfermedad pocos años después. Juntos intentaron traerla de vuelta a la vida, violando la ley de la alquimia que prohibe estrictamente la transmutación humana, provocando que ambos tengan que pagar un muy alto precio por su osada acción. Así, Edward pierde la pierna izquierda, mientras que su hermano pierde todo su cuerpo. En un acto de sacrificio, Ed ofrece uno de sus brazos para rescatar el alma de su hermano pequeño y sellarla en una armadura de 2 metros.

Obsesionado con la idea de traer de recuperar el cuerpo de su hermano, Edward se une al ejército a la edad de 12 años como alquimista estatal, para tener la libertad de ejercer e investigar sobre los secretos mejor guardados de la alquimia. Con estas ventajas, los hermanos arriesgan su vida para encontrar la piedra que les hará recuperar aquello que han perdido. Sin embargo, no se esperan que el secreto de la piedra filosofal les aguarde una serie de traumáticos peligros.