La historia sigue a un enigmático vendedor de medicinas que viaja por el Japón feudal enfrentándose a una variedad de espíritus conocidos como Mononokes. Estos seres sobrenaturales, llenos de misterio y peligro, acechan en las sombras y causan estragos entre los humanos. Armado con herramientas especiales y un profundo conocimiento del mundo espiritual, el vendedor utiliza su ingenio y habilidades para combatir estas fuerzas ocultas.
Sin embargo, no puede simplemente atacar a los Mononokes sin más. Para poder desenvainar su espada de exorcismo y eliminar a estas criaturas, debe investigar y descubrir tres elementos clave sobre cada uno de ellos: su "Forma" (su naturaleza y apariencia), su "Verdad" (el origen o la razón detrás de su existencia) y su "Arrepentimiento" (el sentimiento o acción que los ata al mundo terrenal). Solo entonces puede llevar a cabo el ritual necesario para liberarlos o destruirlos.
A través de este viaje, el vendedor se enfrentará no solo a los Mononokes, sino también a los oscuros secretos y emociones humanas que los crearon, explorando temas de vida, muerte y redención en un mundo donde lo sobrenatural y lo humano están profundamente entrelazados.