En la Academia Death Weapon Meister estudian jóvenes llamados Meisters, que son humanos con la misión de entrenar y dominar el uso de armas especiales. Cada Meister tiene una compañera que puede transformarse en arma y también adoptar forma humana. La historia sigue a tres equipos de Meisters y sus armas: Maka Albarn junto a su arma Soul Eater, Black Star con su arma Tsubaki, y Death the Kid, quien trabaja con las hermanas Patricia y Elizabeth Thompson como sus armas. Estos estudiantes llevan una vida poco común: van a clases, hacen tareas, enfrentan batallas contra almas malvadas y, sobre todo, tienen un objetivo muy importante: hacer que sus armas evolucionen para convertirse en Guadañas de la Muerte, herramientas exclusivas del mismísimo líder de todos los Meisters y Armas, ¡la propia Parca!