Maka Albarn, Death The Kid y Black Star son tres jóvenes estudiantes de Shibusen. Su objetivo en la vida es conseguir graduarse y convertirse en Técnicos de Guadaña Mortal y Filo Demoníaco, título que les da la capacidad para dar sentencias de muerte a humanos que se han desviado del buen camino. Cada uno de ellos va con un compañero que tiene la habilidad de transformarse en un arma. Así, cada pareja está formada por un Técnico y un arma.

Maka va acompañada de Soul Eater Evans, un joven que ansía convertirse en Death Scythe (guadaña de la muerte). Black Star va con Tsubaki Nakatsukasa y Death the Kid es el técnico de Patty y Liz Thompson. Juntos, tienen que devorar un total de 100 almas: 99 humanas y 1 de una bruja, para que sus armas también consigan graduarse y se conviertan en "Guadañas de la Muerte". Sin embargo, el camino no es fácil para ninguno de ellos y aunar fuerzas para conseguir todas las almas es mucho más duro de lo que parecía al principio.