En los límites de la Vía Láctea, en el planeta Zi, existen formas de vida metálicas con habilidades de combate superiores conocidas como Zoids. Estos seres son guerreros por naturaleza. Los Zoids se han utilizado como las armas definitivas en una guerra continua entre las fuerzas imperiales y los republicanos del planeta Zi. La primera serie está ambientada en el siglo caótico. La primera parte se desarrolla durante la guerra entre las dos grandes naciones de Zi: el Imperio y la República. En medio de este caos, se entrelazan las vidas de tres personajes: Van Flyheight, un joven republicano que descubre unas ruinas antiguas; Zeek, un organoide encontrado en las ruinas que tiene la capacidad de revivir y maximizar el potencial de los Zoids; y Fiona, una antigua Zoidian que despierta de su letargo y decide acompañar a Van en su viaje hacia el destino. Con la ayuda del excéntrico Dr. D, el mercenario Irvine y la independiente Moonbay, entre otros, Van se encuentra inadvertidamente en medio de eventos trascendentales.

Keitaro, Naru y todos sus amigos están de vuelta en una serie animada basada en los dos especiales. Keitaro todavía está tratando de atrapar a Naru, pero no es el único. Por supuesto, la otra persona está tratando de atrapar a Naru de una manera diferente. La hermana de Keitaro, Kanako, se ha mudado a la casa como gerente temporal. Desde el principio, le guarda rencor a Naru, debido a su "relación" con Keitaro. Kanako intenta todo lo que puede para asegurarse de que Keitaro y Naru nunca puedan estar juntos, nunca.

Oz Bezarius, heredero de una de las casas ducales, acaba de cumplir quince años. Su vida es cómoda y sin preocupaciones, ensombrecida solo por la constante ausencia de su padre. Sin embargo, todo cambia durante su ceremonia de mayoría de edad. Sin motivo aparente, es enviado a la prisión llamada "El Abismo", de donde es rescatado por una "Cadena" conocida como Alice, el conejo negro manchado de sangre. A partir de ese momento, Oz se adentra en un enigma que lo llevará a descubrir los secretos de Alice, el Abismo y la misteriosa organización conocida como Pandora.