El protagonista de la historia es Nyaruko, una deidad conocida como Cthulhu, que tiene la habilidad de adoptar cualquier forma que desee. A pesar de su nombre intimidante, Nyaruko no parece aterradora en absoluto. De hecho, suele tomar la apariencia de una chica normal y bonita, con cabello plateado, que resulta ser la favorita entre los dioses.
En su aventura, Nyaruko se encuentra con Mahiro Yasaka, un estudiante que está siendo perseguido por alienígenas. Decidida a ayudarlo, Nyaruko usa sus poderes para protegerlo y ayudarle a escapar de sus perseguidores. Juntos, enfrentarán peligros y descubrirán más sobre las extrañas fuerzas que los rodean.