En los límites de la Vía Láctea, en el planeta Zi, existen formas de vida metálicas con habilidades de combate superiores conocidas como Zoids. Estos seres son guerreros por naturaleza. Los Zoids se han utilizado como las armas definitivas en una guerra continua entre las fuerzas imperiales y los republicanos del planeta Zi. La primera serie está ambientada en el siglo caótico. La primera parte se desarrolla durante la guerra entre las dos grandes naciones de Zi: el Imperio y la República. En medio de este caos, se entrelazan las vidas de tres personajes: Van Flyheight, un joven republicano que descubre unas ruinas antiguas; Zeek, un organoide encontrado en las ruinas que tiene la capacidad de revivir y maximizar el potencial de los Zoids; y Fiona, una antigua Zoidian que despierta de su letargo y decide acompañar a Van en su viaje hacia el destino. Con la ayuda del excéntrico Dr. D, el mercenario Irvine y la independiente Moonbay, entre otros, Van se encuentra inadvertidamente en medio de eventos trascendentales.