En las islas de Cremona, un justiciero anda suelto. Celebrado por unos y perseguido por otros, el famoso "Asesino B" se toma la justicia por su mano, armado con una afilada espada y habilidades sobrehumanas. Incapaz de detener a este renegado, el Servicio Real de Investigación (RIS) recurre a la experiencia de Keith Flick, un experimentado pero excéntrico detective que fue relegado al Departamento de Archivos tras una pérdida personal. A medida que los crímenes en Cremona comienzan a intensificarse, desde ejecuciones furtivas de malhechores hasta sofisticados ataques a figuras públicas, pronto queda claro que hay más de un responsable.

Una diseñadora gráfica de Tokyo, autora de una mascota muy popular, es la envidia de todos sus compañeros de trabajo y, al mismo tiempo, por ello, sufre una cierta depresión porque la dejan de lado, además de la presión de su jefe para la creación de una nueva mascota con tanto reclamo como su anterior trabajo. Un día, regresando a casa de noche, es atacada violentamente y recibe un golpe, siendo hospitalizada. Pero muchos creen que no es más que una invención suya para deshacerse de la situación en la que se encuentra en su trabajo en ese momento. El autor del ataque es Shounen Bat, un chico en patines y con un bate ligeramete doblado que se convierte en una auténtica leyenda urbana al ir golpeando a personas en sus cabezas durante la noche por toda la ciudad. Dos detectives se encargarán de llevar el caso e irán comprobando que no todo es lo que parece

Tras un severo pero convincente discurso de Otto, Subaru Natsuki jura solemnemente que logrará atravesar esta línea temporal y salvar a todos los que pueda en el camino. El primer paso para lograr este objetivo es ayudar a Emilia a superar su pasado; sin embargo, es más fácil decirlo que hacerlo. Al sentir que todos los que la rodean le han mentido, a Emilia le resultará difícil confiar en nadie, ni siquiera en Subaru, su autoproclamado caballero. Re:Zero kara Hajimeru Isekai Seikatsu 2 temporada presenta la culminación de las experiencias de Subaru con el Santuario y su gente, junto con su falta de voluntad para perder la esperanza de salvarlos.