En la primera temporada de B: The Beginning, dos hombres se enfrentaron a su propio pasado con gran sacrificio. El inconformista detective Keith Flick luchó contra sus demonios y finalmente sacó a la luz los oscuros secretos del Reino de Cremona. El niño prodigio mutante Koku se reunió por fin con el recuerdo más preciado de su infancia robada. Han pasado varios meses desde entonces, y el mundo entero parece haber olvidado la agitación causada por aquellos acontecimientos. Mientras Keith regresa a la Policía Real para llevar a cabo su propia investigación, Koku y Yuna intentan disfrutar de una vida normal en paz. Pero las consecuencias de los experimentos de Jaula Blanca están lejos de extinguirse, como pronto descubre Koku cuando su compañero de laboratorio Kirisame, supuestamente muerto, aparece de repente.