La película narra las aventuras de nueve personas que son secuestradas por la organización Black Ghost y obligadas a convertirse en cyborgs. El conflicto llegará cuando los nueve inocentes se escapen con el fin de desbaratar los planes de sus viejos captores, los cuales pretenden conducir a la humanidad a una Tercera Guerra Mundial mediante la venta de armas súper destructivas. '009 Re: Cyborg' pertenece a la productora Production I.G., responsable de los éxitos de manga 'Ghost in the shell' o 'GITS Stand alone complex'. Además, ha sido capaz de conseguir un resultado espectacular al combinar la animación en 3D, la apariencia del anime clásico y unos efectos CGI de última generación.

La historia tiene lugar en el año 2131, concretamente en la región de Olympus, el último lugar del planeta que aún no ha sido arrasado por la hecatombe que ha azotado a lo largo del tiempo a todos los rincones del mundo. Los encargados de custodiarla y de hacer que sus habitantes se mantengan con vida son los Bioroides, unos seres ficticios que conviven con la especie humana compartiendo el mismo espacio vital. Gracias a la ayuda de un procesador de datos muy novedoso, los ciudadanos conservan su existencia con relativa tranquilidad. Los problemas empiezan a sucederse cuando se produce la aparición de un grupo organizado de guerrilleros, quienes tienen la intención de sembrar el caos entre toda la población y acabar con aquellos que se interpongan en su camino. Deunan Knute es una prestigiosa militar que se encargará de comandar al ejército de los ESWAT junto a su pareja, un individuo que cuenta con tres cuartas partes de ingeniería robótica en su mecanismo interno de funcionamiento. ¿Serán capaces de unir sus fuerzas para poner fin a la peligrosa amenaza que pretende destruir los resquicios definitivos de la Tierra?

Deunan, una joven guerrera, y Briareos, un veterano cibersoldado, son a la vez compañeros y amantes. Como miembros de E.S.W.A.T., las fuerzas especiales de élite al servicio del Olimpo, son desplegados siempre que surgen problemas. La llegada de un nuevo miembro a sus filas, un biorroide experimental llamado Tereus, pone a prueba su relación.

Catorce años después del Tercer Impacto, Shinji Ikari despierta en un mundo que no recuerda. No ha envejecido. Gran parte de la Tierra está en ruinas, NERV ha sido desmantelada y la gente a la que antes protegía se ha vuelto contra él. Haciendo amistad con el enigmático Kaworu Nagisa, Shinji continúa la lucha contra los ángeles y se da cuenta de que la lucha está lejos de terminar, incluso cuando podría ser contra sus antiguos aliados. Las luchas de los personajes continúan en medio de las batallas contra los ángeles y entre ellos mismos, en una espiral hacia lo que podría ser inevitablemente el fin del mundo.