El Sacro Imperio Británico es una poderosa nación que utiliza su fuerza militar para expandir su dominio, y la pequeña nación insular de Japón es una víctima más. Durante un conflicto mundial en 2010 conocido como la Segunda Guerra del Pacífico, el otrora orgulloso país fue reducido a escombros y rebautizado burlonamente como Área 11.

Sin embargo, un estudiante planea liberar a Japón del control de Britannia mediante una extraordinaria rebelión. Su nombre es Lelouch Lamperouge, y está lleno de odio hacia el Imperio, planeando borrar su maldito nombre de la faz del planeta. Los maliciosos planes de Lelouch se aceleran inesperadamente al conocer a la misteriosa mujer C.C., que le otorga una habilidad sobrenatural conocida como "Geass" que hace que cualquier persona a la que Lelouch ordene no pueda desafiar su voluntad.