En el undécimo año de la Era Meiji, el fin del shogunato samurái y la prohibición de las espadas han dejado en Japón cicatrices duraderas. Disgustados por estos recientes cambios, muchos antiguos samuráis conspiran contra el nuevo gobierno, incitando una ola de derramamiento de sangre. Para contrarrestar este movimiento, el gobierno construye una colosal prisión en medio del lago Biwa. Asignado extraoficialmente para ayudar a la policía a arrestar a los criminales, Tenka Kumou también sirve de barquero a la prisión del lago Biwa con la ayuda de sus dos hermanos menores: el ambicioso Soramaru y el entusiasta Chuutarou. Junto con el antiguo ninja de Fuma, Shirasu Kinjou, los hermanos Kumou llevan una vida frugal y alegre, dedicada sobre todo a estudiar y entrenar. Sin embargo, detrás de esta rutina diaria relativamente anodina, el espectro de la maldición "Orochi" comienza a extender su sombra sobre la ciudad de Oumi. Según la leyenda, cada trescientos años Orochi se reencarna en un recipiente humano, y se cree que esto es el presagio de una catástrofe inminente. Mientras varios grupos se enfrentan en busca del recipiente de Orochi, algunos pretenden sellar la maldición, mientras otros tienen planes más oscuros en marcha.