En las islas de Cremona, un justiciero anda suelto. Celebrado por unos y perseguido por otros, el famoso "Asesino B" se toma la justicia por su mano, armado con una afilada espada y habilidades sobrehumanas. Incapaz de detener a este renegado, el Servicio Real de Investigación (RIS) recurre a la experiencia de Keith Flick, un experimentado pero excéntrico detective que fue relegado al Departamento de Archivos tras una pérdida personal. A medida que los crímenes en Cremona comienzan a intensificarse, desde ejecuciones furtivas de malhechores hasta sofisticados ataques a figuras públicas, pronto queda claro que hay más de un responsable.

Basado en el famoso manga Ghost in the Shell, un thriller futurista que narra las misiones de Matoko Kusanag, cuenta como esta mujer es la encargada de las operaciones encubiertas de una sección de la policía especializada en crímenes tecnológicos. Kusanagi, gracias a ser un cíborg, puede conseguir gestas sobrehumanas. Ahora, esta joven mujer indaga en el verdadero significado de la conciencia humana. La nueva serie de animación en 3D, nos lleva hasta el año 2045, donde nos recoloca en la era en la que el capitalismo global ha colapsado y el mundo esta arrasado, tras la caída del capitalismo y las principales economías globales. Será en este momento donde la llamada Sección 9 empieza a desarrollar misiones secretas con un claro objetivo: descubrir todo lo que se encuentra detrás.