Basado en el famoso manga Ghost in the Shell, un thriller futurista que narra las misiones de Matoko Kusanag, cuenta como esta mujer es la encargada de las operaciones encubiertas de una sección de la policía especializada en crímenes tecnológicos. Kusanagi, gracias a ser un cíborg, puede conseguir gestas sobrehumanas. Ahora, esta joven mujer indaga en el verdadero significado de la conciencia humana.

La nueva serie de animación en 3D, nos lleva hasta el año 2045, donde nos recoloca en la era en la que el capitalismo global ha colapsado y el mundo esta arrasado, tras la caída del capitalismo y las principales economías globales. Será en este momento donde la llamada Sección 9 empieza a desarrollar misiones secretas con un claro objetivo: descubrir todo lo que se encuentra detrás.