Hace décadas, un héroe venido de las estrellas trajo la paz a este planeta y luego se despidió. Ahora, su legado vive a través de su hijo, quien se alza como el nuevo Ultraman para defender la Tierra frente a una renovada amenaza alienígena.

Shinjirou, el nuevo *Ultraman*, comienza a experimentar pesadillas que lo hacen darse cuenta de que ya no puede controlar sus habilidades como antes, luchando desesperadamente por contenerlas. Sin poder dominar su fuerza, su poder se desata sin límites, provocando la destrucción de la ciudad y causando daños a personas inocentes. La sociedad, que alguna vez lo vio como un salvador, ahora lo tilda de "desastre para la humanidad", convirtiendo al héroe en el blanco de críticas y condenas. Aislado y habiéndolo perdido todo, Shinjirou se encuentra atrapado en medio de un torbellino de destino que amenaza con consumirlo. Mientras él lidia con su creciente desesperación, una siniestra fuerza alienígena comienza a moverse en las sombras, aprovechando el caos para sus propios fines oscuros.

Un evento de desaparición masiva global tiene lugar entre la humanidad. Rena y Shinjirou desaparecen simultáneamente. A raíz de estos acontecimientos, el periodista independiente Kotaro Higashi investiga este misterioso "incidente de desaparición". Los alienígenas que están detrás son la organización terrorista Dark Star. Transmiten un mensaje a los habitantes de la Tierra. "Dadnos la mitad de la Tierra o sacrificad a la mitad de su gente... elegid". Al mismo tiempo, los recientemente desaparecidos Rena y Shinjirou son teletransportados a la nave de Dark Star que orbita la Tierra. Al enterarse de demasiado, Koutarou queda atrapado en el fuego cruzado entre Dark Star y el SSSP, y casi queda muerto.... En la batalla final, nuestros héroes se enfrentan off contra la Fortaleza Dorada. Frente a este mecha gigante que destruye la ciudad, a ULTRAMAN, SEVEN y TARO se les unen ZOFFY, JACK y ACE. ¡Por fin se han reunido los 6 héroes de ULTRAMAN