Iwakura Mitsumi siempre ha tenido grandes sueños: salir de su pequeña ciudad, acceder a una universidad de alto nivel y contribuir al país antes de retirarse a su ciudad natal. Tan centrada está en su objetivo que no se da cuenta de todas las demás formas en que se queda corta, para disgusto y preocupación de sus amigos y familiares. ¿Podrá una ingenua campesina triunfar en la gran ciudad, es decir, en Tokio?

Another sigue la historia de Koichi Sakakibara, un chico que se traslada al instituto Yomiyama North. Allí conoce a Mei Misaki, una estudiante aparentemente tranquila y tímida a la que muchos de sus compañeros de clase e incluso la maestra ignoran.

Sin embargo, la calma de la escuela se ve perturbada cuando una serie de sucesos extraños comienzan a ocurrir, con estudiantes y profesores muriendo de manera grotesca y horrenda. Koichi comienza a investigar la historia de la escuela y descubre que todo está relacionado con una estudiante muy popular llamada Misaki, quien murió repentinamente en 1972.

Desde tiempos antiguos, la civilización humana había habitado el fondo del océano. Sin embargo, muchos humanos deseaban vivir en la superficie y se trasladaron a tierra firme, creando así una división fundamental entre ambos mundos. Tras el cierre de su escuela, cuatro estudiantes de 14 años del pueblo marino de Shioshishio deben asistir a la escuela Mihama, en la superficie. Lo que sigue es su lucha por adaptarse a un nuevo entorno y a las relaciones entre la gente del mar y la de la tierra, mientras enfrentan sus propios sentimientos recién descubiertos al borde de su infancia.

La trama se sitúa en una institución de investigación robótica en las cercanías de la famosa Represa de Kurobe en la Prefectura de Toyama, durante el caluroso verano de 2016. Durante la construcción inicial de la presa, se hace un descubrimiento asombroso: un antiguo artefacto que despierta el interés de la comunidad científica mundial. Este hallazgo conduce a la fundación del Instituto de Investigación de Kurobe de las Naciones Unidas, donde expertos de todo el mundo se reúnen para estudiar el misterioso objeto. Mientras tanto, los hijos de estos eruditos asisten a una escuela especial ubicada en el Monte Tate, entre ellos la hija del director del instituto. La trama se desencadena cuando un samurái solitario se despierta, desencadenando una serie de eventos que desafiarán la comprensión de la realidad de los personajes.