Ambientada en el año 2032 DC. La verdad se revela a través de la aparición de la Oficina de Inteligencia e Investigación del Gabinete, que es hostil a la Sección 9 desde el fondo de la resurrección de la Sección 9 de Seguridad Pública, a partir del caso de un terrorista que dice ser "11 personas individuales", y la aparición del caso individual de 11 personas y Kuze. Se convierte en. La manipulación de la información y las actividades de elaboración de la Oficina de Inteligencia e Investigación del Gabinete aumentarán la desconfianza y la oposición de los refugiados, y los refugiados de consolación se armarán y se sublevarán a la vez.

En el año 2030, las redes digitales llegan a todas partes, y la tecnología que empuja la luz y los electrones ha avanzado hasta un estado en el que casi impulsa la voluntad humana... Las redes de información siguen expandiéndose y los delitos siguen siendo más complejos. En esta sociedad al borde del caos, se creó una organización especializada en la caza y eliminación del crimen. Se trata de la Sección 9, el llamado "Complejo Autónomo" (S.A.C.), bajo la supervisión directa del Ministerio del Interior. Sus funciones incluyen una amplia gama de investigaciones, como responder a delitos cibernéticos críticos, vigilar a personalidades del país, revelar la corrupción política, investigar asesinatos violentos y ocuparse de casos de asesinatos de alto secreto. El S.A.C. de élite da lo mejor de sí en los enfrentamientos cibernéticos, pero también es extremadamente capaz de enfrentarse físicamente utilizando ciborgs de alta calidad

Cyborg 009 es una historia sobre nueve cyborgs experimentales (ocho hombres y una mujer), que han sido recogidos por el malvado grupo terrorista Black Ghost. Esos nueve cyborgs, con la ayuda de un científico, se vuelven contra el control de Black Ghost. Black Ghost, a su vez, comienza a enviar más ciborgs para destruir a los primeros nueve ciborgs experimentales y provocar la destrucción en todo el mundo.