La historia tiene lugar en el año 2131, concretamente en la región de Olympus, el último lugar del planeta que aún no ha sido arrasado por la hecatombe que ha azotado a lo largo del tiempo a todos los rincones del mundo. Los encargados de custodiarla y de hacer que sus habitantes se mantengan con vida son los Bioroides, unos seres ficticios que conviven con la especie humana compartiendo el mismo espacio vital. Gracias a la ayuda de un procesador de datos muy novedoso, los ciudadanos conservan su existencia con relativa tranquilidad. Los problemas empiezan a sucederse cuando se produce la aparición de un grupo organizado de guerrilleros, quienes tienen la intención de sembrar el caos entre toda la población y acabar con aquellos que se interpongan en su camino. Deunan Knute es una prestigiosa militar que se encargará de comandar al ejército de los ESWAT junto a su pareja, un individuo que cuenta con tres cuartas partes de ingeniería robótica en su mecanismo interno de funcionamiento. ¿Serán capaces de unir sus fuerzas para poner fin a la peligrosa amenaza que pretende destruir los resquicios definitivos de la Tierra?

Deunan, una joven guerrera, y Briareos, un veterano cibersoldado, son a la vez compañeros y amantes. Como miembros de E.S.W.A.T., las fuerzas especiales de élite al servicio del Olimpo, son desplegados siempre que surgen problemas. La llegada de un nuevo miembro a sus filas, un biorroide experimental llamado Tereus, pone a prueba su relación.

Catorce años después del Tercer Impacto, Shinji Ikari despierta en un mundo que no recuerda. No ha envejecido. Gran parte de la Tierra está en ruinas, NERV ha sido desmantelada y la gente a la que antes protegía se ha vuelto contra él. Haciendo amistad con el enigmático Kaworu Nagisa, Shinji continúa la lucha contra los ángeles y se da cuenta de que la lucha está lejos de terminar, incluso cuando podría ser contra sus antiguos aliados. Las luchas de los personajes continúan en medio de las batallas contra los ángeles y entre ellos mismos, en una espiral hacia lo que podría ser inevitablemente el fin del mundo.

Bajo el constante ataque de los Angeles, NERV introduce dos nuevos pilotos: la misteriosa Makinami Mari Illustrious, y a la intensa Asuka Langley Shikinami. Paralelamente, Gendo Ikari y SEELE proceden con el proyecto secreto que involucra tanto a Rei como a Shinji. You Can (Not) Advance comienza con el ataque del Tercer Ángel y la aparición de una nueva piloto con el EVA-05, mientras Asuka llega a Tokio-3 con el EVA-02 durante el ataque del Séptimo Ángel. Mientras avanza, la película vuelve a mostrarnos los clásicos conflictos emocionales de la serie, añadiendo nuevas escenas y mejor animación, con un final apocalíptico sorprendente