La historia tiene lugar en el año 2131, concretamente en la región de Olympus, el último lugar del planeta que aún no ha sido arrasado por la hecatombe que ha azotado a lo largo del tiempo a todos los rincones del mundo. Los encargados de custodiarla y de hacer que sus habitantes se mantengan con vida son los Bioroides, unos seres ficticios que conviven con la especie humana compartiendo el mismo espacio vital. Gracias a la ayuda de un procesador de datos muy novedoso, los ciudadanos conservan su existencia con relativa tranquilidad. Los problemas empiezan a sucederse cuando se produce la aparición de un grupo organizado de guerrilleros, quienes tienen la intención de sembrar el caos entre toda la población y acabar con aquellos que se interpongan en su camino. Deunan Knute es una prestigiosa militar que se encargará de comandar al ejército de los ESWAT junto a su pareja, un individuo que cuenta con tres cuartas partes de ingeniería robótica en su mecanismo interno de funcionamiento. ¿Serán capaces de unir sus fuerzas para poner fin a la peligrosa amenaza que pretende destruir los resquicios definitivos de la Tierra?

Deunan, una joven guerrera, y Briareos, un veterano cibersoldado, son a la vez compañeros y amantes. Como miembros de E.S.W.A.T., las fuerzas especiales de élite al servicio del Olimpo, son desplegados siempre que surgen problemas. La llegada de un nuevo miembro a sus filas, un biorroide experimental llamado Tereus, pone a prueba su relación.

Yuuichirou Hyakuya se reencuentra por fin con su amiga de la infancia Mikaela Hyakuya, a la que había dado por muerta durante mucho tiempo. Sin embargo, tras su reencuentro, descubre que Mikaela se ha convertido en un vampiro. Decidido a ayudar a su amigo, Yuuichirou jura hacerse más fuerte para poder proteger a Mikaela y a los compañeros de la Compañía de Demonios Lunares. Kureto Hiiragi recibe información de que un gran grupo de vampiros se reunirá en Nagoya, preparándose para su asalto a las principales fuerzas del Ejército Imperial de los Demonios en Tokio. Dirigido por Guren Ichinose, el equipo de Yuuichirou es uno de los muchos seleccionados para interceptar y eliminar a los nobles vampiros.

Seraph of the End: El reino de los vampiros se sitúa en un mundo en el que un misterioso virus apareció en la Tierra y acabó con todos los seres humanos infectados mayores de 13 años muertos. El resto de raza humana que dejó la devastadora infección se enfrenta a otra amenaza: vampiros que estaban ocultos en sitios remotos de todo el mundo y que esclavizan a los supervivientes. Hyakuya Yuuichirou es uno de los jóvenes de su orfanato que se encuentran sometidos a los chupasangres, pero él está decidido a que su dictadura termine y sueña con matarlos a todos.