Cuando apenas era una niña, Kotoko fue secuestrada por un yokai. Estos espíritus la convirtieron en un poderoso intermediario entre el mundo de los humanos y el de los espíritus, pero su poder le costó muy caro: un ojo y una pierna. Ahora, años después, ella vigila a los yokai que pueden ser considerados amenazas para los humanos, al mismo tiempo que comienza a desarrollar sentimientos por un joven llamado Kuro, quien también es especial; pues un encuentro con un yokai finalizó con él consiguiendo poderes de curación. Él es sorprendido cuando Kotoko le pide que formen un equipo para manejar a los yokai que causen problemas, para así preservar la delgada línea que separa a los espíritus de los humanos.

Aikawa Maki, de 16 años, es un estudiante de primer año de secundaria conocido como el Maestro del Aire. Una luchadora callejera invicible. La mayor parte del tiempo es una chica normal, pero es una persona diferente cuando sale a la calle. En su día fue gimnasta en Japón, y ahora está estableciendo y reviviendo la leyenda de la "lucha callejera en el aire" como Maestra del Aire. Un estilo de lucha basado en la fuerza de los saltos y los movimientos en el aire. Para volver a sentir la emoción de ser gimnasta, busca a los oponentes más fuertes para luchar.

Shinobou es un aprendiz de ninja. Para demostrar su talento y convertirse en una verdadera ninja, ¡tiene que robar toda la ropa interior de las chicas en la escuela secundaria! La primera víctima es Kaede Shiranui, quien sorprende a Shinobou en vuelo. Kaede, por compasión hacia Shinobou, le ofrecerá sus bragas, para que esta última no falle su examen de ninja. Las dos chicas se harán amigas rápidamente, a pesar de Onsokumaru, el autoproclamado maestro ninja bola voladora amarilla que intenta interferir en la amistad de estas dos jóvenes.

La historia trata de un joven llamado Takeru Takemoto, que tiene un modo diferente de ver al mundo, ya que mientras otros jóvenes solo viven día a día, él se cuestiona constantemente como el mundo y la vida cambian de forma inevitable. Una noche, mientras hacía una entrega en su motocicleta para el local de su tío, acompañado por su mejor amigo Ryo, una extraña luz pasó por su lado dirigiéndose hacia el bosque. Siguiendo el destello encontraron a una extraña chica, que estaba dentro de una especie de capullo transparente. Takeru reacciona como si conociese a dicha chica y decide sacarla de allí. De pronto, una especie de monstruo aparece tratando de herirla, Takeru en vista de no poder hacer nada pierde esperanza, pero súbitamente sufre una extraña transformación y su cuerpo adquiere el poder y la fuerza necesaria para derrotar a la criatura. Tras esto decide llevar a la muchacha a vivir con él y sus tíos, la cual responde al nombre de Hikari, poco a poco ella comienza a aprender del mundo, la gente y especialmente de como las cosas nacen viven, mueren y esencialmente cambian o dan su lugar a otras nuevas, ya que a pesar de su apariencia Hikari es algo más allá de lo humano. Sin embargo parece ser una mala época para el mundo, el monstruos que los atacó esa noche es solo uno de tantos que aparecen por el mundo y Jennifer Portman, una científica especializada en catástrofes de nivel planetario, investiga esto ya que cada vez que sucedido la aparición de este tipo de criaturas ha sido el comienzo de algún tipo de evento de extinción a nivel mundial que ha acabado con todas las formas de vida que existían hasta ese momento.