A la vuelta de sus vacaciones de verano, los alumnos de la clase 3-E de la prestigiosa escuela secundaria Kunugigaoka se encuentran con unas dificultades insuperables. Ante la posibilidad de la aniquilación del mundo, los estudiantes deben idear formas cada vez más elaboradas y creativas para matar a su profesor, el astuto pero optimista y servicial Koro-sensei.

Sin embargo, eliminar a Koro-sensei no es el único objetivo del que deben preocuparse los estudiantes. Gakuhou Asano, el despiadado y cruel director de la academia, pretende impedir el éxito de la clase 3-E lavando el cerebro a sus otros esforzados alumnos para convertirlos en despiadadas máquinas de estudiar. La hostilidad comienza a perdurar en el aire, ya que tanto los traidores como los asesinos intentan reclamar la recompensa por la cabeza de Koro-sensei.

Nagisa Shiota, uno de los asesinos más hábiles de la Clase 3-E, se encuentra en medio del conflicto. Mientras trabaja para mantener su posición académica y evitar el fin del mundo, los asuntos internos ponen en peligro su lugar en la Clase 3-E. Junto con sus abnegados compañeros de clase, deberá enfrentarse a las amenazas de frente.