Todo comienza cuando un estudiante de bachillerato, Kazuki Muto es asesinado al intentar salvar a una misteriosa chica que vestía un uniforme extraño, de un monstruo gigante. Aunque al despertar piensa que todo fue un sueño, pronto descubre que todo era cierto y que aquella chica lo revivió utilizando como reemplazo de su corazón un artefacto con poderes alquimicos llamada Kakugane. A partir de este momento Kazuki se involucra en el mundo de la alquimia y deberá decidir entre dejar ese recuerdo en el pasado o dedicar su vida a pelear contra las bestias devora-humanos llamadas homúnculos.

Un slice-of-life de batallas el cual esta ubicado en el futuro donde no hay ni Tercera Guerra mundial ni invasiones alien, solo un futuro ordinario después de la era moderna. En este mundo los robots son parte del día a día y contribuyen en varios aspectos de la sociedad. "Shinki" son robots de 15 centímetros de alto hechos para asistir a los humanos. Equipados con inteligencia y emociones, ellos estan devotos a servir a sus amos. Estos Shinki tambien pueden ser equipados con armas y armaduras para luchar entre ellos. Aquellos son llamados "Busou Shinki" (literalmente "princesas divinas armadas"). En particular, el Senki Ann (Arnval), Aines (Altines), y Rane (Altrane) sirven al estudiante de secundaria de nombre Masato. Las cosas cambian cuando un nuevo Senki, Staarf, se une a ellas.

La historia gira en torno a Fudou Nomura, un joven que es enviado a la Academia Privada Aichi Symbiosis. Originalmente, la academia era exclusiva para chicas de la alta sociedad. Sin embargo, al volverse mixta, las chicas presas del miedo solicitaron portar armas dentro de la escuela. Tras recibir la aprobación, fue fundada la “Five Ruling Swords”, una organización cuyo fin es el de proteger a las chicas y corregir a los estudiantes “problemáticos”. Poco después de haber ingresado, Fudou se convierte rápidamente en el objetivo de Rin Onigawara, miembro de las Five Ruling Swords. Para intentar librarse de ellas, Fudou deberá derrotar a cada una de las “espadas”.

Un otaku poco atractivo despierta en el cuerpo de un cerdo después de desmayarse mientras comía hígado de cerdo crudo. El cerdo se encuentra en compañía de Jess, una inocente chica que puede leer la mente de las personas, y ella lo acepta a pesar de sus pensamientos groseros... aunque planea comérselo. Cuando Jess está en peligro de sucumbir a un destino oscuro, ¿podrá el cerdo salvarla solo con su agudeza mental, sabiduría y agudo sentido del olfato?