Al final del segundo semestre del tercer año de la escuela secundaria, cuatro estudiantes se preparan para la graduación y sienten el final de su vida en la escuela secundaria. Pero eso cambia un poco con la llegada de un estudiante transferido.

Hace trescientos años, en la gélida tierra de Siberia, Jubei Yagyu entabló una feroz batalla con Kitaretsusai, del clan Yagyu del Norte. El duelo fue costoso, ya que su hija Freesia quedó congelada en animación suspendida. Como resultado del calentamiento global en el presente, Freesia se libera de su tumba helada y se traslada a Japón como estudiante de secundaria, donde se hace amiga de Jiyuu Nanohana. Lo que no sabe Jiyuu es que Freesia la tiene en el punto de mira para conseguir el codiciado Parche del Ojo de la Felicidad, que Freesia cree que es suyo por derecho.

Jiyu Nanohana es una colegiala normal y corriente hasta que se cruza con un despistado samurái de 300 años que le dice que es la reencarnación de Yagyu Jubei. Con la ayuda del "parche encantador" se transforma en el legendario espadachín cada vez que necesita utilizar su impresionante capacidad de lucha, algo que tiene que hacer con bastante frecuencia, ya que un clan rival está decidido a conquistar a Yagyu para satisfacer un viejo rencor familiar.

Basada en la novela con el mismo título escrita por Ono Fuyumi y editada por Kodansha, la historia habla de Yoko Nakajima, que pretende llegar a ser una chica modelo en su escuela y en su casa. Un día, un hombre llamado Keiki aparece de repente, y llama a Yoko "Lord". Su destino comenzará a cambiar rápidamente a partir de entonces. Dirigida por Keiki, el lugar al que llegaron al final era un mundo alternativo en el que existían 12 paises. Ademas pierde de vista a su guía y no sabe a donde ir. La mala suerte la persigue. Recibe un duro trato de la gente que conoce. A causa de la supervivencia en el otro mundo, ella recupera "la fuerza de la vida" que tenían los humanos originariamente.