En un futuro distante donde la humanidad se ve obligada a dejar la Tierra, una nave espacial emprende su viaje hacia un nuevo planeta. A bordo, una tripulación formada por especialistas creados mediante impresión 3D se prepara para enfrentar los desafíos de su misión en un mundo desconocido.

El hiperdeporte es una disciplina deportiva especialmente popular, tanto entre los niños como entre los adultos. Para practicarlo, los jugadores deben equiparse con un equipo especial y pueden utilizar elementos de apoyo. Hiyori Hayama, un ídolo de instituto, nunca ha probado este deporte. Sin embargo, su encuentro con Saki Kodaka y Sumika Maehara podría dar un vuelco a su vida.

Eyeshield 21 cuenta la historia de un chico llamado Sena Kobayakawa, un joven que no destaca mucho, y que muchas veces es maltratado por sus compañeros, lo que le ha dado una gran habilidad en sus piernas, ya que para escapar del abuso puede correr a gran velocidad. Después de presentar su examen de admisión, Sena entra a la preparatoria Deimon, junto con su amiga de la infancia y protectora Mamori Anezaki. Es en la preparatoria Deimon donde comienza su aventura en el club de fútbol-americano, los Deimon Devil Bats, donde entra como secretario, obligado por Hiruma Yoichi, el quarterback del equipo. Este, al ver su velocidad, lo fuerza a jugar como runningback, pero para evitar que los demás equipos se interesen en sus poderosas piernas, lo hace jugar de incógnito con un casco con visera. Así se convierte en Eyeshield 21, el "hombre con las piernas de velocidad de la luz", que luchara para conseguir el sueño de su equipo: llegar al Chrismas Bowl, el torneo más importante a nivel de institutos en Japón.

Kobayakawa Sena es un chico que siempre ha sido molestado por los matones en la escuela. Desde la primaria, siempre ha sido el "chico de los recados" y, con el tiempo, se ha vuelto muy rápido y eficiente. Un día, Youichi Hiruma y Ryukan Kurita, que están buscando un corredor para su equipo de fútbol americano (los Deimon Devil Bats), deciden que quieren a Sena en el equipo. Para mantener a su nuevo jugador estrella en secreto, Hiruma le da a Sena un casco con una visera oscura y lo llama Eyeshield #21.