La historia se desarrolla en un futuro no muy lejano. Cinco "Puntos Negros" aparecieron repentinamente en todo el mundo como portales a mundos paralelos. Inmediatamente después, extrañas criaturas comenzaron su invasión desde estos portales. Estas criaturas son habitantes de cinco mundos, los mismos mundos en diferentes períodos de tiempo. Con el fin de garantizar que su propio marco de tiempo futuro sobreviva, cada una de las cinco fuerzas de invasión lucha para acabar con los demás marcos de tiempo futuros. La clave es un dispositivo con forma de tarjeta.

Boogiepop Phantom nos transporta a una Tierra oscura, con una atmósfera terrorífica, llena de misterio y miedo donde no hay respuesta para muchas de las cosas que suceden hasta el último episodio. Todo comienza una noche cuando una columna de luz aparece en medio de la ciudad. Nadie sabe que es esa luz, pero después de este suceso algunos jóvenes tienen poderes paranormales. A la vez, algunos estudiantes de la escuela desaparecen sin que nadie pueda saber lo que les ha sucedido. ¿Quién es Boogiepop? Se trata de una enigmática figura femenina que va vestida con un sombrero muy alto y una larga capa decorada con el Jing y el Jang y es conocida como el fantasma de la muerte. En cada episodio se nos contara una historia diferente con varios personajes inmiscuidos en el transcurso de la trama. A final, todas las historias de todos los personajes se acabaran entrelazando hasta completar un guión sólido.

En esta obra, un enorme sistema de cuevas llamado el “Abismo” es el único lugar inexplorado del mundo. Extrañas y poderosas criaturas residen en sus profundidades, junto a preciadas reliquias que los humanos son incapaces de producir. Los misterios del Abismo fascinan a los humanos y estos bajan a sus profundidades. Los aventureros que se adentran en él son conocidos como “Cave Raiders”. Una joven huérfana llamada Rico vive en el pueblo de Osu en el filo del Abismo. Su sueño es convertirse en una “Cave Raider”, como su madre, y solventar los misterios del sistema de cuevas. Un día, Rico comienza a explorar las cuevas y descubre un robot con aspecto de un chico humano.

Creado como un reinicio de la franquicia Casshern, Casshern Sins narra la historia de un mundo donde los robots han subyugado a la humanidad luego de convertirse en seres que piensan por sí mismos. Su líder, Braiking Boss, gobierna todo el mundo con un puño de hierro. Un día, una misteriosa chica llamada Luna es invocada por el pueblo, para que brinde la salvación a la humanidad. Temiéndole por ser una potencial amenaza, Braiking Boss envía a sus tres guerreros cyborg más poderosos contra Luna: Casshern, Dio y Leda. Casshern, el guerrero más fuerte, consigue localizar y matar a Luna, sin embargo, esto provoca un cataclismo que, eventualmente, desatará el fin del mundo. Cientos de años después, la atmósfera de la tierra está envenenada, poseída por los robots y, debido a la incapacidad de la mayoría del resto de los seres humanos para reproducirse, así como la constante amenaza planteada por los robots, la humanidad está al borde de la extinción. Los robots, entretanto, temen a la muerte tanto como los humanos: el ambiente venenoso causa que sus cuerpos mecánicos se corroan y deterioren con rapidez, forzándolos a reparar sus partes dañadas constantemente, si dichas piezas aún se pueden encontrar en buenas condiciones. En esta situación, Casshern, que ha desaparecido luego del asesinato de Luna, regresa sin recuerdos acerca de quién es él o de qué ha hecho. Así, embarcándose en un viaje para averiguar la verdad sobre sí mismo, Casshern descubrirá su verdadero propósito y destino.