Boogiepop Phantom nos transporta a una Tierra oscura, con una atmósfera terrorífica, llena de misterio y miedo donde no hay respuesta para muchas de las cosas que suceden hasta el último episodio. Todo comienza una noche cuando una columna de luz aparece en medio de la ciudad. Nadie sabe que es esa luz, pero después de este suceso algunos jóvenes tienen poderes paranormales. A la vez, algunos estudiantes de la escuela desaparecen sin que nadie pueda saber lo que les ha sucedido. ¿Quién es Boogiepop? Se trata de una enigmática figura femenina que va vestida con un sombrero muy alto y una larga capa decorada con el Jing y el Jang y es conocida como el fantasma de la muerte. En cada episodio se nos contara una historia diferente con varios personajes inmiscuidos en el transcurso de la trama. A final, todas las historias de todos los personajes se acabaran entrelazando hasta completar un guión sólido.