Al despertarse con frío y solo en el bosque, un hombre sin nombre está rodeado de escenas desconocidas. Sin recuerdos, está totalmente perdido hasta que se tropieza con Kuon, una joven con orejas y cola de animal. Ella lo salva y lo lleva de vuelta a su pueblo mientras los protege a ambos de los "boro-gigiri" -criaturas gigantes con forma de ciempiés- y de un misterioso limo rojo. Cuando llegan, ella le llama Haku en honor a un destacado personaje histórico de la zona. Rápidamente se da cuenta de que es único en su especie: el único que no tiene orejas de animal ni cola. Los dos viajan a la capital de Yamato, el país en el que vive Kuon, conociendo a más gente y haciendo nuevos amigos, al tiempo que se adentran, sin saberlo, en la política y los conflictos internos de Yamato...

Utawarerumono: Itsuwari no Kamen sigue a Haku mientras descubre poco a poco los secretos de este mundo alienígena. Trabaja para resolver los misterios que rodean a los limos rojos, así como para evitar que estalle la guerra entre los países cercanos.