La batalla final contra el Territorio Oscuro se prolonga, mientras jugadores de todo el mundo inundan los servidores del Inframundo y sumen al Imperio Humano en el caos más absoluto. Asuna Yuuki y sus amigos defienden a sus nuevos aliados con todo lo que tienen, pero su número está disminuyendo. Mientras tanto, Alice Zuberg se dirige hacia el Altar del Fin del Mundo mientras Gabriel "Vecta" Miller la persigue implacablemente.

Mientras tanto, los miembros de Rath elaboran un plan en un intento de restaurar el dañado fluctlight de Kirito. Sin embargo, los intrusos que ocupan la sala de control principal tienen otros planes. Rodeado por la muerte y la desesperación, cuando toda la esperanza parece estar perdida, una voz llega a Kirito-una familiar que dice: "Siempre estaré a tu lado".

Sword Art Online: Alicization - War of Underworld 2nd Season es la épica conclusión del sueño de Akihiko Kayaba de crear una inteligencia humana artificial. Ahora depende de Kirito y sus amigos proteger este mundo que se está derrumbando de la gente que todavía piensa que es sólo un juego.