Siguiendo los acontecimientos de los episodios de List of The Melancholy of Haruhi Suzumiya, la historia tiene lugar desde el 16 de diciembre hasta el 24 de diciembre, un mes después del Festival Cultural Japonés. La Brigada SOS, liderada por Haruhi Suzumiya (personaje), hace planes para celebrar una fiesta nabemono en Navidad. Sin embargo, en la mañana del 18 de diciembre, Kyon llega a la escuela y descubre que la propia naturaleza de su realidad ha cambiado; Haruhi e Itsuki Koizumi han desaparecido, Ryoko Asakura ha regresado misteriosamente, Mikuru Asahina no le reconoce y Yuki Nagato es una humana corriente. Sólo Kyon es consciente de que todo es diferente y nadie más recuerda nada sobre Haruhi o la Brigada SOS. La única pista que Kyon consigue encontrar es un marcador dejado por la versión alienígena de Yuki antes de que todo cambiara, en el que se le dice que reúna "llaves" para ejecutar un programa. Mientras se pregunta por esta pista, llega a conocer a la nueva Yuki, que parece estar bastante encariñada con él. Al llegar el 20 de diciembre, Kyon se entera por List of Haruhi Suzumiya characters#Taniguchi de que Haruhi estuvo todo el tiempo en otro instituto, junto con Itsuki y otros antiguos alumnos de su escuela. Al revelarle su identidad como "John Smith", un alias que había utilizado cuando viajó al pasado para ayudar a una joven Haruhi, Kyon consigue convencer a Haruhi de que crea su historia. Con su ayuda, reúnen a la Brigada SOS en la sala del club, trayendo así las claves necesarias para un programa construido por la alienígena Yuki.