Los preparativos para una nueva ofensiva contra los Neuroi -una misteriosa raza de invasores alienígenas- están en marcha. El objetivo es asegurar Berlín, la capital del Imperio de Karlsland, lo que es necesario para eliminar la amenaza Neuroi de Europa. Sin embargo, como el enemigo es capaz de adaptarse al campo de batalla a diario, las fuerzas aliadas y el estado actual de la tecnología Striker podrían no ser suficientes para lograr una victoria. Mientras tanto, Yoshika Miyafuji, una bruja de Fuso, continúa sus estudios de medicina en Lausana. Tras recuperarse de un reciente incidente que la privó de su poder mágico, está deseosa de ayudar en el esfuerzo bélico. La llamada a las armas no tarda en llegar y las brujas dispersas del Ala de Caza Conjunta 501 deben reunirse una vez más para dar un último empujón al enemigo.