El año 1939 fue cuando aparecieron los Neuroi. Nadie sabe de dónde vienen ni el por qué pero los ataques de los Neuroi hicieron huir a la gente de sus hogares y ciudades. Para poder defenderse de los ataques de los Neuroi la humanidad invento nuevas armas anti-Neuroi llamadas "Unidades de Ataque" (Strike Unit) estas usan el poder de la magia para contraatacar estos monstruos. Para usar estas unidades se seleccionaron brujas de distintos lugares del mundo para así formar el Conjunto de Operaciones Especiales 501 comúnmente conocido como "Strike Witches".