La historia está centrada en Japón, un milenio en el futuro. Cinco niños, la protagonista Saki, Satoru, Maria, Mamoru y Shun, nacieron y fueron criados en un tranquilo pueblo que puede ser descrito como una utopía. Este mundo es gobernado por gente que tiene el "Cantus" o "Poder de los Dioses" de la telekinesis. Luego de cierto incidente, Saki y los otros se enteran de la verdadera naturaleza de su mundo. En poco tiempo, aprenden todo, incluyendo la sangrienta historia que llevó a la humanidad a ese estado.