La humanidad se enfrenta finalmente a la amenaza de los Custodios, una antigua especie sensible a la que se responsabiliza de maldecir a la humanidad para que hablara diferentes idiomas hace miles de años. Los portadores del Symphogear -Hibiki Tachibana, Tsubasa Kazanari, Chris Yukine, Maria Cadenzavna Eve, Kirika Akatsuki y Shirabe Tsukuyomi- son enviados a la Antártida para recuperar una antigua reliquia. Tras asegurarla y rescatar al personal científico allí presente de un Ataúd, el mecanismo de defensa automatizado que la protege, la reliquia es entregada a investigadores estadounidenses debido a acuerdos internacionales.

La organización criminal Noble Red, remanente de los anteriormente combatidos Illuminati bávaros, comienza a tener como objetivo la reliquia. ¿Serán capaces los portadores del Symphogear y su organización de apoyo S.O.N.G. de frustrar los planes de las organizaciones que conspiran contra ellos?