Esta historia transcurre durante el período Edo. Fuu, una chica de 15 años, trabajaba en una casa de té hasta que ésta fue destruida después de una violenta pelea a tres bandas entre Mugen, el vagabundo, Jin, el samurái errante, y los guardaespaldas del hijo del Daikan de ese pueblo. Al final del combate Mugen y Jin son arrestados para ser ejecutados al día siguiente. Fuu intenta hacer un trato con estos dos individuos, les ayudará a escapar si a cambio de ello le ayudan a encontrar al samurái que huele a girasol. Aunque las cosas no son tan fáciles ya que Mugen y Jin están siempre intentando acabar el uno con el otro, una rivalidad eterna casi profesional. Ambos samuráis tienen un pasado borroso. La historia narra sus viajes entre veredas y pasajes oscuros, y cómo arreglan los líos en los que se meten. Toda la serie está bañada con ciertos tintes de modernidad, como cortes y tintes de cabello, personajes que emulan algún recuerdo de artistas del arte y la música y sobre todo de un ambiente muy urbano, muy hip hop; no sólo por la música sino también por los personajes, su forma de hablar y de actuar. Además, guarda cierta crítica hacia la enajenación occidental en las culturas asiáticas y la influencia de la cultura nipona en el arte y la historia.