Es el decimosexto año de la era Meiji. Han transcurrido cinco años desde que Kenshin Himura detuvo la rebelión de Makoto Shishio. Aunque las llamas de su incipiente revolución se extinguieron, las cicatrices que dejó a su paso aún se sienten en todo Japón. Restos de su grupo todavía existen, aunque dispersos. Algunos han encontrado la paz, mientras que otros continúan luchando. Después de que una facción remanente intentara reavivar la revolución, la antigua espada de Shishio cayó en manos de Ashitarou Hasegawa, un niño huérfano que nunca conoció un hogar. El conflicto también dejó a Aran Inoue, un joven de 16 años mitad japonés y mitad estadounidense, y a una mercenaria llamada Asahi Kubota con un alto precio que pagar, sin ningún otro lugar al que ir. Pero, afortunadamente para estos individuos, el dojo Kamiya siempre ha sido un lugar que acoge a los sin techo sin indagar en su pasado.