Outbreak Company gira en torno de Shinichi Kano, un "otaku pura sangre" con un padre novelista y una madre que trabaja como ilustradora en juegos eróticos. No tiene ningún talento más allá de su vasto conocimiento, opiniones y visión del mundo del moe. Pese a todo, el gobierno japonés asigna a Shinichi como "evangelizador del moe" para acudir al Imperio Sagrado de Eldant, un mundo paralelo al que se puede entrar a través de una zona concreta de los espesos bosques que rodean al Monte Fuji. Dicho mundo es un mundo de fantasía en el que los dragones surcan el cielo, y allí Shinichi entablará amistad con la maid semielfa Myuseru y con la preciosa y joven emperatriz Petoraru. Shinichi tendrá que tratar con las amenazas de guerra de las diferentes facciones de ese mundo, pero se preocupa porque él mismo es un invasor (shinryakusha) en dicha tierra.