Ninja Senshi Tobikage cuenta la historia de un niño llamado Joe Maya. Un día, Joe, que vive en Marte, es testigo de una batalla entre alienígenas. Los del planeta Zaboom están atacando a la princesa del planeta Radorio, que ha escapado del emperador de Zaboom, que está planeando conquistar el universo, y se ha estrellado en Marte.

Joe se tropieza con la nave de la princesa, lo que inicia una reacción en cadena de acontecimientos que alterarán sus vidas. Joe y sus amigos se enfrentan con tres poderosas bestias mecha al emperador de Zaboom y sus fuerzas, pero las probabilidades están en su contra. Cuando toda esperanza parece estar perdida, un misterioso robot ninja llamado Tobikage aparece como de la nada para proporcionarles ayuda, capaz de combinarse con las 3 bestias mecánicas proporciona a Tobikage un poder inigualable, con su ayuda Joe lucha contra las fuerzas de Zaboom.