"Ninja Kamui" es una serie anime que sigue la historia de Nukenin, un antiguo ninja que, tras escapar de su clan, vive una vida tranquila junto a su familia en la América rural. Sin embargo, su paz se ve interrumpida cuando un grupo de asesinos de su clan irrumpen en su hogar. Para proteger a su familia y saldar su deuda de sangre, Nukenin debe enfrentarse a su pasado.

Para enfrentar esta nueva amenaza, Nukenin resucita su antigua identidad como Ninja Kamui. Sin embargo, se da cuenta de que sus habilidades ninja tradicionales están obsoletas frente a los cyborgs de combate y asesinos armados con tecnología avanzada. Ahora, Kamui debe adaptarse rápidamente y utilizar todas sus habilidades para derrotar al clan que lo amenaza a él y a su familia.