Whistle! cuenta la historia de Shō Kazamatsuri, un chico que cambia de escuela, dejando atrás el instituto Musashinomori para ingresar en la escuela secundaria Sakura Josui. Su gran sueño es formar parte del equipo de fútbol, algo que nunca logró en su antigua escuela debido a su baja estatura, que siempre fue vista como una desventaja.
Al llegar a su nueva escuela, su profesora, Yūko Katori, lo presenta al resto de los estudiantes como una antigua estrella del famoso equipo de Musashinomori. Esto genera grandes expectativas entre sus compañeros, quienes creen que Shō es un jugador excepcional. Sin embargo, pronto uno de los jugadores, Tatsuya Mizuno, revela la verdad: Shō nunca fue titular en su anterior equipo, lo que significa que no tuvo muchas oportunidades de demostrar su talento y que, en realidad, no destaca como futbolista.
A pesar de esto, Shō está decidido a mejorar sus habilidades y ganarse un lugar en el equipo de su nueva escuela. Aunque sigue enfrentándose al reto de superar los prejuicios por su altura, luchará con esfuerzo y determinación para demostrar que, a pesar de las dificultades, tiene el corazón y la pasión necesarios para triunfar en el fútbol.