Golpeado y abandonado a su suerte, Ryuunosuke Ibuki es despojado de todo lo que tiene a su nombre. Al verle en tan lamentable estado, un hombre llamado Kamo Serizawa le da una segunda oportunidad y le ofrece convertirse en su asistente personal. Ibuki parece librarse de la pena, pero este nuevo estilo de vida no hace más que convertirlo en un perro para uno de los hombres más influyentes de todo Kioto.

Mientras tanto, con el aumento de los ataques de los ronin a la población en general, el shogunato envía a los Roshigumi a Kioto para atacar por la paz. Liderado por el honorable pero suave Isami Kondou, el Roshigumi está compuesto por fuertes y hábiles samuráis, pero carece de conexiones políticas significativas para ganar terreno en la ciudad plagada de crimen. Al no tener otra opción, Kondou se alía con el arrogante Serizawa y sus conexiones a cambio de su fuerza combativa.

A pesar de odiar todo lo que representan los samuráis, Ibuki se encuentra enredado en los negocios de los Roshigumi. Sin embargo, a medida que se relaciona con los miembros bajo el liderazgo de Kondou, Ibuki se da cuenta poco a poco de que no todos los samuráis son tan crueles y deshonrosos como creía. Hakuouki Reimeiroku explora los primeros días que conducen a la formación del Shinsengumi mientras la tensión política en Kioto da lugar a la inestabilidad y la incertidumbre.